اتاق عمل بیمارستان دی با 6 اتاق در طبقه چهارم واقع شده است.
از ویژگی های بارز مجموعه اتاق عمل بیمارستان دی بهره مندی از کلیه امکانات و تجهیزات رایج دنیا است که طیف وسیعی از اعمال جراحی را میسر می سازد. این مجموعه از سایر قسمت ها مجزا بوده و با رعایت تکنیک دقیق استریل اداره می شود. همچنین در اتاق عمل بیمارستان واحد CSSD (واحد استریل مرکزی) فعال می باشد.